1640年,皇太极命令重修和扩建大召,完工后,皇太极赐给满、蒙,汉三种文字的寺额,汉名“弘慈寺”改为“无量寺”。这是今天的大召汉名“无量寺”的起源。清顺治九年(1652年),西藏达赖五世路过呼和浩特,驻锡于大召,至今大召内还供有达赖五世的铜像。
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清朝的呼和浩特札萨克达喇嘛印务处开设在大召。康熙三十七年(1698年),康熙任命内齐托因为呼和浩特八大寺掌印喇嘛,并将大召印玺交付给他。内齐托因二世呈请康熙帝,动用自己的庙仓财产修葺大召,当时因大召年久失修,琉璃瓦俱已破损不堪。蒙文《内齐托因二世传》记载:“当时修葺所用的琉璃瓦价格昂贵,每块按三钱计算,计用白银五千两。”竣工后,清廷用黄金铸造“皇帝万岁”牌位,交给大召供奉,今天这一金牌仍在大召。这次修建后,大召的主要建筑物再没有发生多大变化。