2001年8月27日15时05分，黄万里在清华大学校医院一间简朴的病房悄然离去──戴晴在悼念文章中说：“离开了这个他又爱又痛的世界。”
从字里行间，读者可以感受到戴晴的心在颤抖：
他爱它，是因为在他90年的生命里，他获得了常人难于企及的知识与智慧，享受过真正的爱与被爱；他痛，是因为他满腔的热忱遭冷遇，一身本事被闲置──而他苦难的祖国，他的正遭受专权、腐败与无知荼毒的祖国，多么需要他的奉献。
他不要名誉、不要地位、甚至不计较20多年的右派冤案，只要当政者给他一个机会，让他在自己的业务领域把意见发表出来──从五、六十年代，他在流放改造的工地上等着；八十年代以后，在自己家中逼仄的书房里等着。他一次次投书报刊，没人登载；那就给管事的写信，从学校到政协到人大到国务院到监察部，直到总书记本人──没人理他……或者说，只有一个当权的人物几天内就回信，致谢并向他咨询──可惜不是他的同胞，而是当时的美国总统克林顿。
他到底要说什么？
他以自己数十年的研究观察，只想提醒当政者别再犯愚蠢的错误：国家浪掷几百几千亿、百万生灵涂炭、大好山河糟蹋。
在三门峡问题上，正当壮年的黄万里的话没有人听；在三峡问题上，已经老年的黄万里的话仍然没有人听。黄万里是三峡工程的坚定反对派，他直言不讳地说三峡大坝是“祸国殃民的工程”，预警了蓄水后卵石淤塞重庆、四川水患、浩大的工程开销和必将酿成祸患的移民安置。
卵石堆在水库中比沙更麻烦
黄万里与长江结缘，比他与黄河结缘还要早。早在上个世纪三十年代后期，他在四川工作期间，长江上游和在四川境内所有主要支流，他都亲自沿河实地踏勘过。那一次，四川省水利局派他带几个人参加全国水利勘测，到金沙江考察。去的时候是乘飞机到昆明，回来时从昆明出发，沿金沙江支流普渡河，走到普渡河与金沙江交汇处，再沿金沙江河道，顺流而下，一直步行回到重庆，历时三个月。沿途除了对河道水情的勘测外，对云南的贫困和少数民族问题都有所观察。
晚年的黄万里仍然不改初衷，从对千秋万代负责的高度看治理江河。
黄万里后来写道：“一路山峦起伏，步履艰难，其山势每直逼江边，道路崎岖，莫此为甚。昔丁文江君，考察地质行过巧家县老君洞村，称为世界最难走之路。此处江宽测得159公尺，两岸皆峭壁耸立，测得深谷竟达1300公尺，较世界闻名之美国巍谷（Grand Canyon，现通译为“大峡谷”）为尤深，实世间最深之谷也。……自普渡河口到叙府长约550公里，高度以降落为550公尺，平均坡度为千分之一，……奈何河中险滩过多，纵使毁去，翌年大水时，支流将砂石冲入正河，复成一滩，必将淘不胜淘。”
在当时的条件下，对长江水系江河进行开拓性勘测，其危险性可以说仅次于战场。黄万里对《长河孤旅──黄万里九十年人生沧桑》一书作者赵诚讲过，在那些水流湍急、人迹罕至的峭壁河道上测量，固然有危险；而那些看似平静的河面，也暗藏杀机──曾有三人在风浪不大的川江上工作丧命，其中还有一个康乃尔毕业的李凤灏硕士。这样的悲剧使他“对于河床演变获得了意外的认识”。
黄万里记述道：
“……查勘组黄万里、张先仕等方走过江油旧城址几十公里，忽见上游来人急报：詹国华分队在平武旧城下五公里处测量涪江横断面时因船破两人淹死。等到黄、张赶到出事地点，天已近暮。眼见水如此之浅，流虽急，但怎可能淹死人？黄等亲自伸一脚轻轻入水，乃知河底卵石是移动的，而且不是仅仅一层，是多层移动着的。乃知两人因无法站住而被拖倒在大河里，大石头撞破头而淹毙。”
早年的这些勘察，为他形成关于水文地貌学的体系奠定了基础，也对他晚年关于长江干流是否可修高坝的学术观点形成有重要的影响。这就是：四川盆地一带河床质乃是砾卵石，在坡陡流急的河段，在没有悬沙底沙的情况下，河床卵石仍能运移。不像黄河下游堆积性河段里，悬沙、底沙、床沙可以按同一机理一起运动。
基于这一实地考察的结论，黄万里在得知三峡大坝要修建时，认为这将造成比黄河三门峡更大的灾难──黄河河床是沙，沙淤积在库中还可以设法冲走；长江三峡以上的河床则是卵石，卵石堆积在水库中，就不可能冲走。
黄肖路告诉多维记者：我爸关于长江的最早的文章，应该是1986年登在《华东水利学院学报》上。那时关于三峡工程，还没有拍板定案，还可以冒出些不同声音。
寄出无数封信没有回音
1985年3月黄万里致书当时的国务院总理.。
这一年，他上书邓小平，再次谈及三峡一事。
1992年三峡议案在全国人大通过，.十四大刚结束，黄万里以一系列统计数据和计算为基础，完成《长江三峡高坝永不可修原由简释》等论稿。他认为：三峡工程必将贻害子孙。从自然地理观点，长江大坝拦截水沙流，阻碍江口苏北每年十万亩的造陆运动；淤塞重庆以上河槽，阻断航道，壅塞将漫延到沪州、合川以上，势必毁坏四川坝田。目前测量底水输移率尚缺乏可靠的手段，河工模型动床试验在长期内长段落中尚欠合理基础，只可定性，不能定量，不足以推算长江长期堆积量。故此而论，长江三峡大坝永不可修。如果是为了发电，可在云贵湘鄂赣各省非航道上建大中型电站，它们的单价低、工期短，经济效益比三峡大坝发电要大四倍以上。就流域经济规划而言，也应先修四川盆地边缘山区之坝，如乌江电站等为宜。从国防的角度看，大坝建起来后无法确保不被敌袭，也很不安全。
他先后三次致书.，指出：“长江三峡高坝是根本不可修建的，不是什么早修晚修的问题、国家财政的问题；不单是生态的问题、防洪效果的问题、或经济开发程序的问题、国防的问题；而主要是自然地理环境中河床演变的问题，和经济价值的问题中所存在的客观条件，根本不许可一个尊重科学.的政府举办这一祸国殃民的工程。它若修建，终将被迫炸掉。”
他还指出，公布的论证报告错误百出，必须悬崖勒马、重新审查，建议立即停止一切筹备工作，分专题公开讨论。
在信中，黄万里还附上三篇文章，阐述了三峡高坝永不可修的缘由，和长江中、下游汛期防洪的治理策略建议，以及对黄河治理、南水北调工程的建议。
但是三峡是李鹏坚持要上的，长官意志在三门峡水库上造成恶果的教训，并没有被决策者深刻反思总结。而“长官意志”为什么主上呢？作家郑义在《遥祭中华之子黄万里》文中分析说：这是因为形成了“一个庞大的权势逼人的水利工程利益集团。了以上大工程而攫取权势、中饱私囊，这个利益集团反大禹疏导之道而行，大建其坝”。半世纪以来，他们建了8万5千多座各类水库，竟占了全世界水库总数的二分之一。仅在长江流域，他们竟然建了4万多座水库。他们还不打算住手，还准备在汉水上再建16座，在长江正源雅砻江上再建20座。不把中国的大小江河碎尸万段，他们是不会善罢甘休的！”
郑义的说法并不是无端揣测：原中国国家电力公司总经理高严涉嫌贪污钜款而失踪，不就透露出了冰山一角？
黄万里的意见与决策者意见相左，挡了他们的权路、财路，有关的研究课题也就与他无关，他得不到任何有关数据，只能是当局公布什么，他才了解什么。在与对方的论战中，他的论据都是靠当年在川江工作时的观测数据进行推算。
1988年长江大洪水后，身患绝症的黄万里申请讲课。他特地穿上白西服以示郑重。这是他的教学生涯中最后一次讲课。
着名报告文学作家卢跃刚写过三峡，他在请教一些专家时，“他们都说黄万里在这方面是首屈一指的”，“但在80年代并没有进入三峡的论证小组”。这位在二十世纪三十年代就把自己的生命托付给长江的水利专家，如今只能在边缘、在局外焦灼地关切长江的命运。
李锐在写给领导人的信中披露，黄万里同他谈到这样一个细节：“钱正英春节曾来我家拜年（她的夫君是黄的亲戚），可是就是不让我参加三峡论证。”
黄万里回忆：在三峡大坝开工前，写了三封信。大坝开工后，又写了三封信──给上面一共写了六封信，附了六篇文章，却没有收到一次回信。但是给美国总统写信，“我十天内便收到克林顿的回信”。
一般人提了意见，上面不理睬也就作罢，但黄万里却锲而不舍。他不仅接着写，还向监察部去申诉，对决策者拒不答复人民来信，他要讨个说法──虽然他得到的，还是不答复！他还一度诉诸法律。为了他挚爱的人民，他将自己完全置之度外，至死还惦记长江之事，正如他在困境中写下的诗句：有策犯鳞何足忌，垂危献璞平生志。他多次跟学生谈过：“我提这个问题，是对国家负责，对民族负责，对千秋万代负责。”
无人出版他的着作
黄万里毕生的学术着作一直束之高阁。20世纪90年代，他自费印了论文集《水经论丛》和诗文集《治水吟草》，那是一本没有书号、没有出版社、没有定价、没有发行单位的“四无出版物”，在亲友中散发。清华大学有一个庞大的出版社，但黄万里没有资格在那里出书。2001年黄万里90岁寿辰前，经领导开恩默许，清华水利系的老师们从各自课题费中凑了钱，为黄万里印了一本非正式出版物《黄万里文集》，这是一本16开本、360多页的大书，只印了不足500本，一下就被人要光。
2001年8月18日，家人为黄万里庆贺九十大寿。九天之后，黄万里去世。（黄肖路提供）
在他时昏时醒的弥留期间，他的两名毕业于1958年的得意门生沈英、赖敏儿夫妇前去探望。他自知沉屙不起，与他们再次谈起治江之事，说着说着，竟流出眼泪，哭了起来。即使在逆境中，学生们也没见老师这样伤心地哭过！沈英夫妇怕他激动，起身告辞，黄万里坚持把他们送到了门口，觉得话没说完，遂索纸笔写道：
万里老朽手所书
敏儿、沈英，夫爱妻姝：
治江原是国家大事，“蓄”，“拦”，“疏”及“挖”四策中，各段仍应以堤防“拦”为主，为主。
汉口段力求堤固，堤临水面宜打钢板桩，背水面宜以石砌，以策万全。盼注意，注意。
万里遗嘱
2001-8-8
这也是他留给世界的最后的话。
一贯主张疏导的黄万里，为何提出“各段仍应以堤防‘拦’为主”，对如何拦得严密还想得那么细？记者读到此，百思不解。后来读到郑义的文章，才恍然大悟：“三峡钜祸已经铸成，莫可奈何。所念念在心者，已是补救之策。临终之际，他仍然不忍以灾难证明自己的正确，而欲以‘钢板钢桩’来拦堵三峡大坝必将经常泄出的滔天洪水，永固江防。”
与黄万里相对照的，是三峡工程上最为党所倚重的专家，中科院与工程院双院士张光斗。他生病时三峡工程副总管郭树言去探视，过后将他的谈话以“张光斗同志关于三峡工程谈话纪录”文件形式报全国人大委员长、国务院总理、副总理。张光斗也谈到防洪，他说的是：“或许你知道三峡大坝的防洪能力比我们对外宣称的要低，清华大学曾做过一份调查研究……但是，我们只能以降低蓄洪量到一百三十五公尺来解决这个问题，即使这会影响长江江面的正常航行。但记住，我们永远、绝不能让大众知道这点。”
黄万里对黄河三门峡的预言，不幸应验了。
黄万里对长江三峡的预言，会再次不幸而应验吗？尚待时间来证明。这时间将有多久
