发动机电控系统工作时，自诊断系统把检测到的非正常输入输出信号为故障信号，自诊断系统故障主要有以下几种。
1、当某一电路出现超出规定范围的信号时，故障诊断系统就判定该电路信号出现故障。
如水温传感器正常时其输出电压信号在0.1-4.8V范围内变化。若冷却水温度传感器输出电压低于0.1V(相当于水温高于139℃)或高于4.8V(相当于水温低于-50℃)时，ECU即判定为故障信号，存入存储器。
2、发动机运转时，当ECU在一段时间里收不到某一传感器的输入信号或输入信号在一段时间内不发生变化，ECU亦判定为故障信号。
如发动机在正常工作温度下运转时，ECU在一分钟以上检测不到氧传感器的输出信号或氧传感器信号在0.3-0.6V间1分钟以上没有变化，即判定为氧传感器电路有故障。
3、发动机正常工作中，如果偶然出现一次不正常信号，ECU诊断系统不会判断为故障。只有当不正常信号持续一定时间或多次出现时，ECU才将其判定为故障，如发动机转速在1000r/min时，转速信号(Ne信号)丢失了3-4脉冲信号，ECU不会判定为Ne信号故障，同时，“CHECK”灯也不会点亮，Ne 信号的故障也不会存入ECU内。
要注意的是， ECU判断出的故障，只能提供故障的性质和范围，如水温传感器与ECU间配线断路时，水温传感器输出电压信号就会高于4.8V(正常为0.1- 4.8V)。这时ECU判定和输出的故障信息为水温传感器发生故障。最后确定是传感器、执行器或相应配线的故障，还应进一步检查确定。
